前言

\documentclass{article}
\usepackage{dirtree}
\usepackage{hyperref}

\begin{document}

\dirtree{
.1 root.
.2 dir1.
.3 \hyperref[dir1-file1]{''file1''}.
.3 \hyperref[dir1-file2]{''file2''}.
.2 dir2.
.3 \hyperref[dir2-file1]{''file1''}.
.3 \hyperref[dir2-file2]{''file2''}.
.2 dir3.
}

\section{dir1/file1}
\label{dir1-file1}

\section{dir1/file2}
\label{dir1-file2}

\section{dir2/file1}
\label{dir2-file1}

\section{dir2/file2}
\label{dir2-file2}

\end{document}

Reference